En matière de temps de travail, le gouvernement a souhaité harmoniser les secteurs privé et public. La Loi de transformation de la Fonction publique impose désormais les 35 heures à l’ensemble des administrations. Jusqu’alors, les collectivités locales n’étaient pas tenues à cette obligation. Un rapport de l’inspection générale des finances avait indiqué que 310 000 fonctionnaires travaillaient moins de 1607 heures par an, soit moins que la durée légale. Les collectivités ont jusqu’au 1 janvier 2022 pour appliquer cette obligation. Concernant les jours de fractionnement, correspondant à des jours de congés supplémentaires exceptionnels dans la Fonction publique, aucune nouveauté n’est rentrée en vigueur.
Ces jours de fractionnement sont accordés lorsque l'agent prend un nombre de jours précis entre le 1er novembre et le 30 avril.
Autre grande nouveauté introduite par la Loi de transformation de la Fonction publique, la portabilité du contrat à durée indéterminée dans les trois versants de la Fonction publique. Autrement dit : un agent contractuel lié par un CDI notamment à une administration de l’État ou encore à un établissement public de l’État, peut bénéficier directement d’un CDI s’il est recruté par un employeur public relevant d’un autre versant afin d’exercer des fonctions relevant de la même catégorie hiérarchique.
Si elle ouvre de nouveaux droits pour les fonctionnaires, la Loi de transformation de la Fonction publique en limite d’autres. Ainsi, le droit de grève est désormais encadré dans la Fonction publique territoriale, au même titre que pour les Fonctions publiques d’État et hospitalière. Un service minimum est ainsi instauré pour plusieurs services publics locaux : la collecte et le traitement des déchets ménagers, le transport public des personnes, l’aide aux personnes âgées et handicapées, l’accueil des enfants de moins de 3 ans, l’accueil périscolaire, la restauration collective et scolaire. Afin de garantir ce service minimum, les fonctionnaires territoriaux ont désormais l’obligation de respecter un préavis de 48 heures avant la grève, et de 24 heures avant la reprise du travail. Pour éviter les arrêts de courte durée, par exemple une heure dans la journée, les agents qui se sont déclarés grévistes peuvent être tenus "d'exercer leur droit dès leur prise de service et jusqu'à son terme."
L’éventail des sanctions administratives a également été harmonisé entre les trois versants de la Fonction publique. A titre d’exemple, pour les sanctions de premier groupe, tout agent exerçant dans la Fonction publique d’État, territoriale ou hospitalière peut désormais faire l’objet d’une exclusion temporaire d’une durée maximale de 3 jours. Il est à noter qu’auparavant cette sanction n’était applicable qu’aux agents de Fonction publique territoriale. . A présent, tout fonctionnaire ayant fait l’objet d’une sanction disciplinaire du deuxième ou troisième groupe peut, après dix années de services effectifs à compter de la date de la sanction disciplinaire, introduire auprès de l’autorité investie du pouvoir disciplinaire dont il relève une demande tendant à la suppression de toute mention de la sanction prononcée dans son dossier. Un refus ne peut être opposé à cette demande qu’à condition qu’une autre sanction soit intervenue pendant cette période.