Lors d’une absence prolongée pour raisons de santé, la question de la prise en charge financière est centrale. Depuis le 1er septembre 2024, les agents de la Fonction publique d’État placés en congé de longue maladie bénéficient d’un meilleur maintien de leur rémunération.
Il existe différents types de congés maladie selon la gravité de l’affection et la durée de l’arrêt de travail. Les agents des trois versants de la Fonction publique (État, territoriale et hospitalière) souffrant d’une pathologie grave et invalidante les empêchant d’exercer leurs fonctions, et nécessitant un long traitement et des soins prolongés, peuvent être placés en congé de longue maladie (CLM). Les agents contractuels bénéficient, sous conditions, d’un dispositif similaire, le « congé de grave maladie ».
Le congé de longue maladie concerne les fonctionnaires titulaires et stagiaires, en activité ou en détachement. Il dure jusqu’à 3 ans, et peut être pris de façon continue ou discontinue. Il est accordé ou renouvelé par période de 3 à 6 mois. Après avoir obtenu un congé de 3 ans, un nouveau congé est possible à condition d’avoir repris vos fonctions pendant au moins 1 an.
Les pathologies ouvrant droit au congé de longue maladie sont fixées par un arrêté du 14 mars 1986, mais cette liste n’est pas limitative. Parmi elles, on peut citer :
Pour obtenir ce congé de longue maladie ou de grave maladie, vous devez soumettre à votre administration employeur une demande accompagnée d’un certificat médical établi par votre médecin traitant. Ce dernier transmet au conseil médical un résumé de ses observations, et toute pièce justifiant de votre état de santé. Le conseil médical examine votre dossier et rend sa décision. Il peut solliciter l’expertise d’un médecin agréé. La mise en congé de longue maladie peut également intervenir à la demande de l’administration employeur, si elle dispose d’une attestation de la médecine du travail ou d’un rapport de votre hiérarchie.
Le décret n° 2024-641 du 27 juin 2024 introduit un nouveau régime de maintien de la rémunération en cas de congé de longue maladie et de grave maladie pour les agents et les contractuels de la Fonction publique d’État. Il transpose l’accord interministériel relatif à l’amélioration des garanties de prévoyance dans la Fonction publique d’État du 20 octobre 2023. Ces modalités sont entrées en application le 1er septembre 2024.
Les éléments de rémunération sont versés selon les modalités suivantes :
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Première année
Deuxième année
Troisième année
Traitement indiciaire
100 %
60 %
60 %
Primes et indemnités
33 %
60 %
60 %
Indemnité de résidence
100 %
100 % (60 % pour les agents contractuels)
100 % (60 % pour les agents contractuels)
Supplément familial de traitement (SFT)
100 %
100 %
100 %
Nouvelle bonification indiciaire (NBI)
100 %
60 % (si non remplacé dans vos fonctions)
60 % (si non remplacé dans vos fonctions)
Le précédent régime prévoyait le versement de 100 % du traitement indiciaire la première année, puis 50 % les années suivantes, et la suspension du régime indemnitaire pendant toute la durée du congé de longue maladie. Désormais, les agents contractuels bénéficient du congé de grave maladie s’ils justifient d’au moins 4 mois de service continus, contre 3 ans auparavant.
Le congé de longue maladie n’a pas d’incidence sur :
Par ailleurs, si vous êtes placé en congé de longue maladie à la suite d’une demande présentée au cours d’un congé de maladie, vous conservez les primes et indemnités versées pendant ce congé maladie. En revanche, elles ne sont pas cumulables avec les primes et indemnités dues pendant votre CLM.
Quelle est la différence entre longue maladie et maladie de longue durée ?
Le congé maladie de longue durée concerne cinq affections spécifiques :
Il suit obligatoirement un congé de longue maladie d’un an. Pour passer d’un congé de longue maladie à un congé maladie de longue durée, vous devez adresser une demande à l’administration employeur.
Le congé maladie de longue durée concerne cinq affections spécifiques :
Il suit obligatoirement un congé de longue maladie d’un an. Pour passer d’un congé de longue maladie à un congé maladie de longue durée, vous devez adresser une demande à l’administration employeur.